Theo quy định, các trường hợp có thu nhập ở hai nơi khác nhau thì người có thu nhập phải đến cơ quan thuế để làm thủ tục kê khai thuế. Từ thực tiễn của doanh nghiệp mình, đại diện Tổng công ty Thiết kế giao thông vận tải lại cho rằng, quy định như vậy là bất cập, vì mất thời gian của người đi kê khai. Vị đại diện này bày tỏ, trong trường hợp người có thu nhập ở hai nơi khác nhau nhưng hai nơi đó là cùng một tổng công ty thì nên cho phép cán bộ thuế của tổng công ty kê khai giúp cho cán bộ của mình.

Ông Vũ Đình Quang, Vụ trưởng Vụ Thuế TNCN (Tổng cục Thuế) lên tiếng: “Các kỹ sư, cán bộ có thể giao cho cán bộ thuế của doanh nghiệp khai thuế hộ, quyết toán thuế hộ nhưng trách nhiệm ký cũng như việc nộp tờ khai quyết toán thuế qua mạng hoặc trực tiếp vẫn là việc của các cán bộ, kỹ sư”.

Đại diện Quỹ Tín dụng nhân dân đưa ra một tình huống oái oăm khi không thể đăng ký mã số thuế cá nhân cho một số trường hợp. Trong khi cơ quan thuế trả lại hồ sơ với lý do trùng số chứng minh thư thì phía công an lại khẳng định số chứng minh thư đó không bị sai hay bị trùng!

Liên quan tới các câu hỏi về nộp thuế TNCN trong đầu tư góp vốn bất động sản (BĐS), ông Vũ Đình Quang cho biết, nếu chưa hình thành BĐS (chuyển nhượng quyền mua), chủ đầu tư được ủy quyền thu 2% trên giá trị hợp đồng chuyển nhượng BĐS và chủ đầu tư phải kê khai, nộp thuế cho Nhà nước.

Trường hợp BĐS đã được hình thành, người mua chuyển nhượng cho người mua khác thì người mua mới phải nộp 2%. Trường hợp chuyển nhượng có giá mong muốn bằng với hợp đồng mua BĐS, nếu chứng minh được thì theo quy định không phải nộp thuế. Nếu giá chuyển nhượng quá thấp so với giá nhà nước quy định, cơ quan thuế sẽ tính theo giá nhà nước. Trường hợp không có giá nhà nước quy định, cơ quan thuế sẽ ấn định giá.

Nhiều ý kiến phàn nàn việc kê khai, nộp hồ sơ quyết toán thuế qua mạng không thể thực hiện được vì mạng của Cục Thuế Hà Nội và Tổng cục Thuế luôn trong tình trạng quá tải. Bà Vũ Thị Mai, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế kiêm Cục trưởng Cục Thuế Hà Nội cho rằng, trường hợp nộp hồ sơ quyết toán thuế chậm so với hạn chót do lỗi mạng, người nộp thuế sẽ không bị phạt.

Theo bà Mai, đến nay Cục Thuế Hà Nội mới nhận được hồ sơ quyết toán thuế TNCN của hơn 1.000 trong tổng số khoảng 80.000 tổ chức chi trả thu nhập. Thời hạn quyết toán thuế TNCN là 31.5.2010, vì vậy bà Mai khuyến cáo tất cả các nơi chi trả thu nhập cũng như người nộp thuế không chờ đến hạn cuối cùng mới nộp hồ sơ quyết toán vì lúc đó lượng người truy cập và lượng truyền nhận file dữ liệu về thuế TNCN chắc chắn sẽ rất lớn, có thể xảy ra nghẽn mạng.