Các DN phản ánh, quy định giữa Nghị định 149/2005/NĐ-CP và Thông tư 79/2009/TT-BTC hiện có một số điểm chưa thống nhất: Tại khoản 2, Điều 98 Thông tư 79/2009/TT-BTC quy định: “ Trường hợp người nộp thuế kê khai trước ngày đăng ký tờ khai hải quan thì tỷ giá tính thuế được áp dụng theo tỷ giá tại ngày người nộp thuế đã kê khai, nhưng không quá ba ngày liền kề trước ngày đăng ký tờ khai hải quan”. Theo quy định này, nếu DN đã kê tờ khai trước ngày đăng ký tờ khai thì được sử dụng tỷ giá công bố của ngày kê khai để tính thuế nhưng không quá 3 ngày liền kề trước ngày đăng ký tờ khai. Tuy nhiên, Khoản 3, Điều 7 Nghị định 149/2005/NĐ-CP quy định “Tỷ giá giữa đồng Việt Nam với tiền nước ngoài dùng để xác định giá tính thuế là tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng nhà nước VN công bố tại thời điểm tính thuế được đăng trên Báo Nhân dân, đưa tin trên trang điện tử hàng ngày của Ngân hàng nhà nước VN; trường hợp vào các ngày không phát hành Báo Nhân dân, không đưa tin lên trang điện tử hoặc có phát hành, có đưa tin lên trang điện tử nhưng không thông báo tỷ giá hoặc thông tin chưa được cập nhật đến cửa khẩu trong ngày thì tỷ giá tính thuế của ngày hôm đó được áp dụng theo tỷ giá tính thuế của ngày liền kề trước đó”. Như quy định này thì người nộp thuế chỉ được phép sử dụng tỉ giá để tính thuế là tỉ giá công bố của ngày đăng ký tờ khai và chỉ những trường hợp cơ quan hải quan không có hoặc không thể có tỷ giá của ngày đăng ký tờ khai thì mới được phép sử dụng tỷ giá công bố của ngày liền kề trước đó.

Rõ ràng đây là mâu thuẫn giữa Thông tư 79/2009/TT-BTC và Nghị định 149/2005/NĐ-CP trong quy định về tỉ giá tính thuế hàng NK. Căn cứ khoản 2, Điều 83 Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2008 “Trong trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng căn bản có hiệu lực pháp lý cao hơn” thì văn bản có hiệu lực pháp lý cao hơn là quy định tại Điều 7 Nghị định 149/2005/NĐ-CP.

Mâu thuẫn giữa Thông tư 79/2009/TT-BTC và Nghị định 149/2005/NĐ-CP trong quy định về tỷ giá tính thuế hàng nhập khẩu dẫn tới một hiện tượng: cùng một mặt hàng và cùng nhập khẩu vào một thời điểm, nhưng hai lô hàng A và B nhập khẩu qua cửa khẩu Hải Phòng và cửa khẩu Lào Cai có khi lại được tính thuế theo hai tỷ giá khác nhau!

Ví dụ, ngày 17/8/2010, khi Ngân hàng nhà nước thực hiện điều chỉnh tỷ giá bình quân liên ngân hàng giữa VND với USD áp dụng cho ngày 18/8/2010 từ mức 18.544 VND lên mức 18.932 VND (tăng gần 2,1%). Nếu vào ngày này, DN đăng ký nhập vài lô hàng lớn như sắt thép, đặc biệt là dầu thô thì số thuế chênh lệch đã là tiền tỷ so với chỉ một ngày trước đó.

Được biết, mới đây Chính phủ đã ban hành Nghị định 87/2010/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu thay cho Nghị định số 149/2005/NĐ-CP ngày 8/12/2005, có hiệu lực từ 1/10/2010. Theo đó, tỉ giá giữa đồng Việt Nam với đồng tiền nước ngoài dùng để xác định giá tính thuế là tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng nhà nước công bố tại thời điểm tính thuế.